As modalidades de atendimento da Fundação compreendem:

- Unidade Acolhedora: Atualmente, atende a 14 pessoas em regime de 24 horas, proporcionando-lhes abrigo, alimentação, vestuário, cuidados com higiene, saúde, educação, lazer, cultura e atividades que resgatam sua auto-estima e dignidade. Além disso, o trabalho também compreende acompanhamento médico, pedagógico, psicossocial e familiar. A Fundação oferece ainda sala multimídia, reforço escolar e atividades de esporte e lazer.

- Marcenaria: a instituição possui uma marcenaria que atende a diversas demandas, estando regulamentada para atendimentos internos, externos e particulares, dentro das exigências legais.

- Núcleos: Os sete núcleos atendem a cerca de 600 crianças e adolescentes na faixa etária de 6 a 14 anos, com atividades artesanais, lúdicas, pedagógicas e esportivas. Dentro desses espaços, as crianças e adolescentes, em seu contra turno escolar, aprendem atividades diversificadas.

- Casa do adolescente Maria Thèrése Moyan: atende a, aproximadamente, 90 crianças e adolescentes com atividades e oficinas como reforço escolar, teatro, dança, capoeira, artesanato, pintura, oficinas e jogos, xadrez, etc.

- Programa OITI – Trabalho Educativo: A Fundação Crê-Ser emprega em média 50 jovens que trabalham nas secretarias municipais, Câmara Municipal, DAE, Casa de Cultura, Defensoria Pública, Conselho Tutelar, CAT/Sine, Fórum e ArcelorMittal.

- APAE: A Fundação Crê-Ser disponibiliza 33 colaboradores (professores, auxiliar de serviços gerais, auxiliar de puericultura, psicóloga, diretora) para a Escola de Educação Especial Maria Senhorinha, além de custear água, energia elétrica e transporte escolar para os alunos, beneficiando, aproximadamente, 250 estudantes.

De acordo com a diretora da Fundação, Helenita Lopes, a parceria da comunidade (empresas e grupos de serviços), é muito importante para que a instituição continue com este trabalho tão importante para crianças e adolescentes. Segundo Helenita, esta participação das empresas e grupos de serviço é fundamental para que o serviço prestado pela Fundação continue melhorando a cada dia. Essa parceria se dá, principalmente, através de doações e trabalho voluntário.